เหมือนกับจีโนมของไวรัสอาร์เอ็นเออื่น ๆ ทั้งหมด จีโนมของไวรัสโคโรนาประกอบด้วยองค์ประกอบ Cis-acting RNA elements ที่ควบคุมการจำลองแบบเฉพาะของอาร์เอ็นเอของไวรัสที่ถูกต้องโดยรหัสบน RNA-dependent RNA polymerase องค์ประกอบ Cis-acting elements ที่ฝังตัวในยีนมีหน้าที่เกี่ยวกับการสำเนาแบบของไวรัสโคโรนา นั้นเป็นเพียงส่วนน้อยของจีโนมทั้งหมด ซึ่งสะท้อนความจริงที่ว่าไวรัสโคโรนามีจีโนมที่ใหญ่ที่สุดของอาร์เอ็นเอไวรัสทั้งหมด ขอบเขตขององค์ประกอบ Cis-acting elements ที่ทำหน้าที่สำคัญในการควบคุมการทำสำเนามีความชัดเจน และให้ภาพที่ได้รับการแก้ไขดีขึ้นของโครงสร้างอาร์เอ็นเอทุติยภูมิของพื้นที่ยีนเหล่านี้ที่พึ่งค้นพบ อย่างไรก็ตามยังเป็นช่วงเริ่มต้นเท่านั้นในการทำความเข้าใจว่า โครงสร้าง Cis-actingและลำดับของยีน มีปฏิกิริยาอย่างไรกับการจำลองแบบของไวรัสและส่วนประกอบของเซลล์โฮสต์ และยังคงต้องมีการศึกษาอีกมาก ก่อนที่จะเข้าใจบทบาทกลไกที่แม่นยำขององค์ประกอบดังกล่าวในการสังเคราะห์อาร์เอ็นเอ[65][5]